Istituite dal vescovo Stefano Grube (1474-1480), originario della Lettonia e facente parte dell’Ordine Teutonico, le Confraternite dell’Annunziata e di San Leonardo nacquero con lo scopo di provvedere all’ospitalità dei pellegrini che, nel percorso della via Appia-Traiana per giungere ai santuari di Monte Sant’Angelo e dell’Incoronata, passavano da Troia. Le loro occupazioni erano di valenza sociale: provvedevano anche ad accompagnare i defunti al sepolcro e ad accogliere i neonati abbandonati. Ancora oggi è visibile la Ruota dei “Projetti” in via Municipio. I bambini erano allevati e avviati ad un mestiere, mentre per le bambine si provvedeva alla dote matrimoniale. Le due Confraternite sono andate assottigliandosi nel tempo e solo nel 2004 si è provveduto a ricostruire l’antico sodalizio dell’Annunziata e di San Leonardo. I confratelli, che vestono con sacco e mozzetta verde e con un medaglione, accompagnano il Venerdì Santo la statua del Crocifisso Miracoloso.
La Confraternita della Stimmate di San Francesco e della SS. Addolorata fu fondata dal vescovo Emilio Giacomo Cavalieri il 9 aprile 1699. Lo scopo era quello di promuovere il culto di San Francesco d’Assisi e della Vergine Addolorata, intervenire nelle principali processioni, esercitare opere di pietà e provvedere alle onoranze funebri e ai suffragi dei confratelli defunti. La Confraternita si è dotata di uno statuto più agile nel 1915 e nel 1923 è iniziata la costruzione della Cappella Cimiteriale di sua proprietà, tanto che durante il secolo scorso, a causa della garanzia di un’onorata sepoltura, il numero degli adepti è salito sensibilmente. Nell’ultimo decennio c’è stata una rivalutazione della confraternita che si è dotata di una veste bianca, mozzetta color rosso-canonico, orlata in oro e medaglione con l’immagine della Beata Vergine Addolorata e braccia francescane. La Confraternita partecipa alle processioni della Settimana Santa trasportando il simulacro della Madonna Addolorata.
L’Arciconfraternita del SS. Sacramento fu istituita dal vescovo Giannozio Pandolfini (1484-1519) con il compito di tenere vivo il culto dell’Eucarestia nella Cattedrale della città, di occuparsi delle solennità del Giovedì e del Venerdì Santo, della festività del Corpus Domini e di tenere accese le lampade ad olio del Tabernacolo sull’altare. I Confratelli non dovevano superare il numero di venti e dovevano appartenere ad un alto ceto sociale. Fin da subito la Confraternita ottenne dal papa Leone X le Indulgenze del SS. Sacramento, concesse alla omonima Confraternita residente a San Lorenzo in Damaso di Roma. Il 22 aprile del 1550 ricevette il titolo di Arciconfraternita, concesso dal papa Giulio III. Alla Confraternita fu concessa una cappella nella vecchia sacrestia della Cattedrale e fu steso uno statuto che ne regolava la conformazione, la gestione delle donazioni per la sua decorazione, la sepoltura dei confratelli e delle consorelle e, non ultima, quella dei canonici.
